ETC案有5家民間公司投標，遠通電收在激烈競爭下，取得最優申請人資格。2006年2月，首條國道ETC車道開通時，交通部長已是郭瑤琪。
不過，ETC一上路，就引來爭議。主要是要成為ETC的用戶，車上必須裝置車上機，當時遠通提供須付費的OBU，每個要新台幣1199元，消費者團體批評聲不斷。
郭瑤琪也不滿遠通的做法，要求遠通電收提公益改善方案，後來遠通不但將售價降為680元，兩年內扣款成功滿百次還可退費。
就在ETC上路才1個多月，就爆發有交通部官員涉嫌在ETC案收賄，洩漏甄審委員名單。而未得標的宇通公司向行政院公共工程委員會提出甄審不公，結果ETC上路不到半年，台北高等行政法院就撤銷遠通電收資格，並判決重新回到第二次甄審階段。
交通部為避免權益受影響，一方面先讓遠通營運，同時也進行ETC第二次甄審作業。蔡堆就是接手ETC重回二次甄審的前交通部長，因ETC給外界的印象已不佳，蔡堆只能更謹慎處理二次甄審，深怕再出問題。
ETC二次甄審結果，仍由遠通電收獲得最優資格。
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