公司以超過勞基法規定擠乳時間30分鐘，要以扣薪方式處理，請問有法規可循嗎?

今天午休時間，跟一位請完產假重返職位的新手媽媽聊天，我聽了內容直覺不可思議。
新手媽媽：我才回公司第三天就被直屬主管投訴了。
我：為什麼?
新手媽媽：投訴我擠奶時間過長，搬出勞基法：一次擠奶時間限30分鐘，一天限二次。我擠奶含清洗用具是用了50分鐘，但直屬主管向人資部說我花了1小時，而且請人資面報總經理，好在人資部主管深知餵母乳的難處，認為沒有必要，事情就此止住，但直屬主管卻認為超過勞基法規定的時間要扣薪，我二話不說要扣就扣吧。
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身為男性的我，近來也剛成為新手爸爸，雖我太太是全職媽媽，但實在替職場新手媽媽感到不平，特地查了一下法規：
上班哺乳時間規定之相關法規規定
中華民國九十一年三月八日正式實施「兩性工作平等法」第十八條

子女未滿一歲須受僱者親自哺乳者，除規定之休息時間外，僱主應每日另給哺乳時間二次，每次以三十分鐘為度。前項哺乳時間，視為工作時間。

中華民國八十四年四月勞動基準法附屬法規（台灣省政府勞工處編印）對上班哺乳時間的規定：

勞動基準法附屬法規第四章第三十五條：勞工繼續工作四小時，至少應有三十分鐘之休息。但實行輪班制或其工作有連續性或緊急性者，雇主得在工作時間內，另行調配其休息時間。（第十三頁）

勞動基準法附屬法規第五章第五十二條：子女未滿一歲需女工親自哺乳者，於第三十五條規定之休息時間外，雇主應每日另給哺乳時間二次，每次以三十分鐘為度。前項哺乳時間，視為工作時間。（第十七頁）

規定是這麼寫沒錯，但是否該帶點通融性於其中，現在人人都知母乳的好處及重要性，也都是為了糊一口飯才不得已成為白天職場媽媽、晚上全職媽媽的，真的有必要這麼不通人情嗎?身為直屬主管的人，自己將來也有機會娶媳或嫁女的，若自己的家人被如此對待，現在做這些事的直屬主管，心中會是如此感受呢?

再者，請問就算超過勞基法規定的擠奶時間，主管就可決定扣薪動作嗎?
還請熟知勞資雙方權益法規的達人大大們解惑，以利將資料收集起來給這位新手媽媽參考，看她才回來第三天就受這種對待，產前挺著大肚到最後2天才請假去生產，認真替這些主管賣命工作，二個月後回來職場才三天就要面對扣薪?深為同事的我實在看不下去。

在此感謝達人大大們。