北檢為了羈押柯而不停抗告，地院和高院也都配合著，陳佩琪形容京華城案，宛如殺人案，明明人在海外卻被硬指為兇手，並被要求交代「刀子在哪買的、用哪隻手行兇」，她直言：「台灣司法已經墮落到這種程度，實在令人悲哀。」 陳佩琪無奈提到，這些司法人員是跟柯文哲有什麼仇，搞不好都曾受葉克膜的救治，自己未來也可能需要用到葉克膜也說不定，不是要你們對一個救人無數的醫師寬容， 而是救人無數的醫師需要司法公平的對待。
檢質疑她在六年間存下600多萬元，平均每年一百多萬元「太可疑」。對此她反駁指出，夫妻倆平均年收入約700萬元，依據《公務人員財產來源不明罪條例》，只有在資產增幅超過家庭總報稅所得時才須說明，因此她的情況根本不構成違法。她也坦言，為避免日後繳交高額遺產稅，選擇提早將資金贈與子女，「這有什麼問題嗎？」
