為建置性平友善就醫環境，衛福部訂定「LGBT+民眾醫療照護參考指引」，其中針對未成年的12至18歲兒少，若有性別適應困難，經專業團隊評估後可執行性別手術。但醫界認為，醫學至今無法證明兒少何時才算發展成熟，實在太危險。婦女團體則質疑「小孩長大後悔，醫生要負責嗎？」
衛福部去年底公告LGBT+民眾醫療照護參考指引，其中為避免雙性或性別不明嬰兒與兒童，過早接受非緊急和不可逆轉之性別手術，提出三原則，包括未滿12歲不宜執行，除經專業團隊評估有癌化或生理機能障礙情形；12歲至未滿18歲有適應困難者，應經專業團隊評估後為之；滿18歲經專業團隊評估後始得執行。
林口長庚醫院性別置換中心專責醫師胡瀞暄表示，過去歐美只要醫生寫封信說「足以進行手術」就可以執行，但去年開始，愈來愈多人成年後有悔意。美國少女米洛14歲開始變性、16歲做跨性別手術，23歲後悔不已，美國有不少州政府去年開始限縮青少年變性規定。
胡瀞暄表示，青春期的孩子對性別認同尚未釐清，若還沒成年就執行，要回復是非常困難；現行法規規定20歲才能進行非必要美容手術，18到20歲則需法定代理人簽署，台灣性別教育、性別醫療資源不若國外，在沒有配套下就要跟上國際標準，實在太危險。
北市聯醫和平婦幼院區小兒科醫師蔡立平則質疑，以年齡畫分是否可執行手術，是太落伍觀念，很多疾病會導致傾向男性或是女性化發展，例如男性罹患五甲位還原酵素缺乏，外觀像女性，但確實是XY染色體，專業團隊應包括醫學遺傳專科醫師，協助病患做更好判斷。
全國媽媽護家護兒聯盟副祕書長單信愛質疑，家長是兒童的監護人，萬一孩子手術後後悔，難道醫師要負責？她痛批衛福部此舉是很大的疏失。
陽光酷兒中心副祕書長鍾安峻表示，有許多跨性別者即使18歲完成性別重置手術，仍苦於成年之前的性別為人所知，外界很難理解跨性別者的心情，雖有人反悔，但也有更多成功案例，法律應該要看到人。
計畫主持人、台北榮總泌尿部主任黃志賢表示，該指引廣泛參考歐美醫學會資料後，由精神科、婦產科、泌尿科、小兒科、內科、家醫科專家組成諮詢委員會，性別領域專家召開多次會議，請多元性別民眾審視草案，再經醫學及性別專家會議確認版本。
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