今年8月份，國產疫苗聯亞疫苗申請緊急授權（EUA）未獲食藥署通過，3000多位參與實驗並且打到真的疫苗的民眾，因無法獲得政府認證，有人要到醫院照顧家人時，被迫必須自費接受篩檢，又擔心混打疫苗會出事，不滿因為支持國產疫苗，卻變成「疫苗孤兒」，對此指揮中心指揮官陳時中表示「很抱歉」，並表示這些民眾如果要打其他疫苗，中間必須間隔至少28天。
根據自由時報報導，在這3000多位參與聯亞試驗，並且打到真的疫苗的民眾裡，有人因為近期家人住院，必須到醫院照護，卻因為接種的是聯亞疫苗不被認證，又擔心混打會出狀況，因此被迫另外自費接受檢測。
另外也有民眾表示，當初是因為支持國產疫苗，所以參與臨床試驗，如果聯亞未獲認證，雖然政府表示會安排接種其他疫苗，但有關與聯亞混打的相關試驗是否存在風險，看不到有相關單位所做的試驗、評估，直言挺國產疫苗的下場變成這樣，難免感到心寒。
對此指揮中心指揮官陳時中表示「很抱歉」，根據現行規定， 若曾經或正在接受COVID-19疫苗臨床試驗，間隔至少28天就可接種不同廠牌的COVID-19疫苗。 至於指揮中心發言人莊人祥表示，衛福部傳染病防治諮詢會預防接種組（ACIP）的專家曾討論，退出臨床試驗後，可任選一個疫苗接種， 根據以往其他疾病疫苗的經驗，都有不同廠牌混打，並沒有看到比較特殊的狀況。
