2005年時,故宮南院工程已有延宕的傳聞[16]。2005年11月19日,距離該年縣市長選舉只剩半個月時,故宮南院舉行動土典禮,嘉義縣政府耗資2,000多萬於預定地旁私有地上興建的故宮南院願景館也正式啟用[17][18]。但在2006年1月,因特別預算無法在立法院通過,加上與建築師簽約時程延宕,細部設計還需一年,使主體建築延至2007年才能正式動工,至此確定無法達成2008年開館目標2007年3月,動土典禮已逾一年,故宮南院再次舉辦整地工程開工典禮[25][26]。由於規劃設計招商簽約等進度受阻以及基地週邊新增公共工程需求,行政院於2007年6月通過第一次修正計畫,增列款項11億元,包括台電電纜地下化4.5億及縣政府聯外道路6.5億,並將開館日期延至2011年6月[14]。待至2007年底,根據承包的中興顧問團隊表示,受天雨及變更設計未定等影響,工程進度已落後逾6%[27]。故宮則在此期間審查通過建築師普里塔克率領之APA公司團隊完成的方案設計,博物館總樓地板面積由32,971平方公尺增至47,159平方公尺2010年10月,南院的第二次修正計畫經行政院核定通過,總預算維持不變,開館日期延至2015年底