2016年5月20日,蔡英文就任總統後,陳吉仲獲時任行政院院長林全任命為行政院農委會政務副主任委員。2017年9月8日,陳吉仲接受總統蔡英文慰留,在賴清德內閣續任。2018年12月5日,時任副主委的陳吉仲表示因民主進步黨九合一選舉敗選,表態與主任委員林聰賢同進退而提出辭呈,後獲慰留並代理主委一職。2019年1月,內閣改組,陳吉仲獲留任並真除為行政院農業委員會主任委員。2023年8月1日,出任行政院農業委員會升格為農業部後的首任部長,9月19日因進口蛋品爭議請辭獲准,並於同月21日生效。說不定改換個跑道,換個單位,像是不分區立委,或者是 農業部農村發展及水土保持署署長
下一個工作會是什麼?回去當老師?其他部部長?還是參選正副總統?會鬧到這樣 , 在某些方面可以說他無能 ,但不可否認,他很盡力執行上頭交辦任務,在進口他國有疑慮的食品這方面 ,像是萊豬這類 .真的是盡心盡力.當教授時的說法 「政府打死也要擋」當主委時的說法就完全不同了 ,連雞蛋的流向都無法掌握了,也確實有業者混蛋當國產販售.現在萊豬會不會也混進一般食材 ?查的到嗎? 願意查嗎? 敢查嗎?