馬英九執政時期
2009年，台灣與美國簽訂台美擴大美牛進口議定書，同意擴大美國牛肉進口，但因狂牛症疑慮造成民間反對。行政院排除內臟的輸入，爭取人民的支持。
2010年1月5日，立法院三讀通過了食品衛生管理法修正案。修正案中明文限制了六個高風險的部位不得進口，分別是美國牛的頭骨、腦、眼睛、脊髓、絞肉、內臟。並附帶通過另一項決議「嚴禁30月齡以上牛隻及相關製品進口」。而民進黨團所要求的美牛公投案則遭到否決。而此次修法難免牴觸台美牛肉議定書，當時的立法院長王金平表示，台美關係受到衝擊，立法院為確保國人安全而引起國際壓力，立法院朝野政黨及行政機關應共同面對克服。[26]隨後，美國在臺協會台北辦事處（AIT）發表聲明指出，很遺憾立法院單方面限制美牛進口，將使台灣未來很難與美國擴展經貿關係。而原本預定恢復召開美貿易暨投資架構協定（TIFA）次長會議因而延後。而外交部發言人陳銘政則表示，雖可能短暫性影響台美經貿關係，但相信不會影響台美全面性的發展。[27]而後於12月9日，衛生署發布台灣發現疑似新型庫賈氏症（狂牛症）死亡病例，民進黨立委管碧玲指控此案例於2009年3月就已確診，懷疑衛生署隱匿疫情，目的是為了讓美國牛肉順利進口。衛生署長楊志良反駁，前任署長葉金川忙於選舉並未交接此事。監委程仁宏對此也提出批評並進行調查[28][29]。
2011年，楊志良擔任衛生署長期間，食品藥物管理局成立，進口檢查業務由商檢局移交給食品藥物管理局，因不清楚舊有做法，重新將瘦肉精列為檢查項目[30]。
2012年，馬英九勝選連任總統，提出允許含萊克多巴胺的美國牛肉進口的政策，引起民間反彈。行政院長陳冲提出三管五卡政策，希望爭取支持。
2012年4月27日，美國境內再度發生狂牛症病例，民主進步黨、親民黨、台灣團結聯盟等3個在野黨的立法院黨團聯合提案，要求行政院將台灣境內已上架的美國牛肉下架、已在海關者予以封存、並同時暫停美牛及其產製品進口[31]。表決時，共計有83名立委出席，42票贊成、39票反對、2票棄權，國民黨立院黨團要求重付表決，重付表決結果，共計有88名立委出席，各有44票贊成、44票反對。立法院院長王金平先宣布休息協商，朝野協商後，王金平決定投下反對票，導致全案無法通過。[32]
2012年6月5日，立院院會朝野各黨團，均祭出「甲級動員」（甲動），民進黨、台聯黨、親民黨三黨團，在討論事項時，提出4項變更議程案均交付表決，其中，第1案，禁止美牛進口案，國民黨立委以48比43否決。值得注意的是，對進口美牛仍存疑慮的國民黨立委王惠美、楊麗環在美牛案中並未進場，後3案才進場投票。而張嘉郡、黃昭順、林國正、廖正井、翁重鈞等人，從頭到尾均未進議場投票。[33]
2012年6月10日至15日，民進黨為堅持「零檢出」立場，占據立法院議場主席台五天四夜，以阻止國民黨在該會期立院休會前通過美牛進口案[34]；國民黨立院黨團提議召開臨時會，只審查美牛進口案，以人數優勢通過。
2012年7月4日與5日，聯合國國際食品法典委員會將討論萊克多巴胺的殘留量議題，在野黨團（包括台聯黨、親民黨及民進黨）都認為應該等國際食品法典委員會的討論結果出爐後再討論美牛案，要求政府等待聯合國的討論結果，不需急於一時[35]。親民黨主張應採用國際食品法典委員會制定的標準[36]。7月2日，行政院發言人胡幼偉表示，專家早已證實在安全容許量下，萊克多巴胺不會危害人體健康，並認為國際食品法典委員會的討論是國際貿易的政治角力，質疑國際食品法典委員會制定的標準並不科學，希望在野黨不要再阻擋[37]。農委會主委陳保基說，不管聯合國食品法典委員會（Codex）訂出瘦肉精標準為何，國民黨政府都會依原計畫推動開放含萊克多巴胺美牛進口[38][39]。7月5日，國際食品法典委員會會議中缺乏共識，使美國將萊克多巴胺殘留容許量為牛肉、豬肉的殘留量10ppb的提議交付表決，表決結果為69比67票通過，但仍有半數國家反對[40]。表決之後，民進黨仍要求政府一定要落實「牛豬分離，排除內臟」，絕對不能開放含瘦肉精的美國豬肉進口，而且此立場必須清楚載明於法條中。對此，民進黨立院黨團成員尚有不同意見。台聯黨團則堅持反對立場[41]。馬英九總統承諾，在進口之後，只要出現一例中毒案件，將會立即停止所有美國牛肉進口。
2012年7月6日，民進黨主席蘇貞昌出席台北市黨部第十四屆評委召集人暨執行委員、評議委員就職典禮致詞時表示，民進黨作為一個民主的政黨，雖然現在沒有執政，但責任繁重，面對不斷變化的國內外局勢，民進黨還有很多事情要做，譬如昨日聯合國codex（國際食品法典）做出對於萊克多巴胺最高殘留容許量標準後，民進黨將堅持一貫立場，即「守護國民健康」、「參考國際標準」、「嚴格監督政府」及「保護畜牧產業」。[42]
2012年7月25日，立法院臨時會召開，在野黨團雖未進行杯葛，但民進黨團發言人田秋堇委員於發言時依舊要求除了牛肉之外必須要零檢出[43]。但最終國民黨以人數優勢進行表決，通過《食品衛生管理法》修正案以牛肉肌肉10ppb為基準，開放進口含萊克多巴胺的美牛肌肉進入台灣市場，而牛隻內臟和其他動物肉類維持零檢出，並開放國內牛隻飼料添加瘦肉精，但萊克多巴胺並未取得動物用藥許可而仍不得檢出[44]。民進黨、台聯黨、親民黨三黨團皆投下反對票。
2012年7月28日，疾病管制局副局長周志浩證實台灣出現一例庫賈氏症案例，為成因不明的散發型。疾管局認為此案例不是因食用美國牛肉引起的新型庫賈氏病。但長庚醫院高雄院區榮譽副院長陳順勝表示，台灣近4年散發新型庫賈氏症發生率約百萬分之1.1，與1999年到2007年的百萬分之0.6以下相較，增加近1倍，不能排除與開放美牛有關[45]。
2013年3月11日，臺灣與美方貿易談判傳出除了美牛以外美豬也可能開放進口的消息，引起民進黨抗議，表示一旦開放瘦肉精的豬肉將影響國民健康，不能開放進口，否則誓死抗拒，一定要求總統下台。[46]
2014年1月17日，衛福部食藥署宣布，因加拿大牛肉風險同美國牛肉，隨著美國牛肉開放，春節後開放30個月齡以下加拿大帶骨牛肉。[47]2015年2月，因加拿大牛爆發狂牛症而停止進口。2016年7月，蔡英文政府再度開放30個月齡以下加拿大牛肉進口。
2015年3月19日，立委丁守中等人提出的臨時提案，要求行政院撤銷6項牛雜放寬認定為非屬內臟之公告，因為頭骨肉、面頰肉都在牛的頭上，與高風險的頭骨相連，在機器屠宰的情況下處理牛雜時可能切到頭骨混入，因而產生食安風暴。
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