在1990年代末期,E-2C又推出新的改良型,稱為E-2C鷹眼2000(Hawkeye 2000);而前述原為美國海岸防衛隊操作、後來移交美國空軍的NC-130H,便作為鷹眼2000研發工作的測試用機。E-2C鷹眼2000的主要改良項目包括提升型任務電腦 (Mission Computer Upgrade,MCU)、先進顯示控制工作站(Advanced Control Indicator Set,ACIS)、CEC聯合接戰能力中的AN/USG-3機載終端設備、新的整合式衛星通訊系統 (SATCOM)、電子支援裝備等,並具備改良後的航電冷卻循環系統、導航系統、自動飛行控制系統(AFCS)、座艙航電與顯示等等,此外也改進了可靠度與維修能力。
鷹眼2000的新任務電腦以雷松(Raytheon)公司的940型中央電腦為基礎,採用開放式架構並大量應用民間商規組件(COTS),此外也應用了與E-8C聯星指管機相同的DE2100 A500MP處理器。新任務電腦採用以COTS組件構成的戰術計畫資料/處理錄製單元(Loader/Recoder Unit),能紀錄任務過程的所有參數,所有戰術計畫及任務資料均儲存於抽換式卡莢(Removable Media cartridge,RMC)中,卡莢在執行任務前插入即可;事後進行任務歸詢時,便可透過卡莢紀錄反覆檢討任務得失。相較於L-304,鷹眼2000的新任務電腦無論在處理速度、資料傳輸速率與記憶體容量均比以往的L-304電腦大幅增加,運算能力提升15倍,系統重量卻只有L-304的1/2,體積減少1/3,而且後續的維修升級更為便利。 至於ACIS顯控台則是一種應用COTS技術的開放架構工作站,整合了海空通用的AN/UYQ-70先進顯控台,所有處理器、輸出/輸入介面及記憶裝置均安裝於一座全空調式模組機櫃中。ACIS的原型系統使用16吋高解析度彩色平面顯示器,正式量產型則改用20或21吋平面顯示器。AICS強大的顯示與運算能力,使鷹眼2000的管制人員能獲得更具彈性的顯示管理與影像控制能力。通信方面,鷹眼2000除了原有的HF/VHF/UHF通信設備及JTIDS外,還整合了新型整合衛星通訊系統,此系統擁有迷你型多工存取任務指派通訊器(Mini-DAma)及多重任務先進戰術終端機(Multi-mission Advanced Tactical Terminal,MATT),整合各波段的通信工作並透過衛星傳輸,使鷹眼2000具備超水平線的寬/窄頻語音通訊與數位傳輸能力,能與遠距離外各單位、載台進行通訊和資料交換;此外,JDITS的反干擾能力也進一步提升。
鷹眼2000另一項重要提升是增加協同作戰能力(CEC)中的部分功能,機上配備聯合接戰傳輸處理組(CETPS)中的機載版本,編號為AN/USG-3,又稱協同作戰空中通用裝備套件(CES),整套系統包含資料分配系統(DDS)、協同作戰處理系統(CEP)以及位於機腹的EFA電子導引集端發射天線,可執行CEC的資料中繼傳輸功能,直接傳輸射控等級的資料,讓友軍載台不需要本身偵測、鎖定目標的情況就能立刻發射飛彈接戰,能充分發揮飛彈的最大有效射程;由於另有專文介紹CEC,在此不予贅述。為了因應新航電系統進一步攀升的功率,鷹眼2000的循環冷卻系統也經過改良。雖然鷹眼2000仍使用APS-145雷達,但由於其他配套航電與後端任務電腦的大幅強化,鷹眼2000能將APS-145雷達的功能發揮至極致,偵測範圍較E-2C Group 2的同型雷達增加40%,並能改變雷達天線的轉動速率。為了配合雷達搜索距離的增加,鷹眼2000也進一步改良敵我識別系統以延長識別距離。相較於原本的E-2C,E-2C鷹眼2000外觀上最大的區別有二,第一是新衛星通訊天線(位於雷達整流罩頂端)的外型為倒扣茶杯狀(舊系統為半球狀),第二是機腹中央增加一個圓盤狀的CEC用EFA圓盤陣列天線 (直徑1.37m)。