低溫消毒法即一般所稱的『巴斯德殺菌法』（pasteurization）。食物在62℃的溫度下處理30分鐘（或72℃處理約15秒），即可將一般的病原菌消滅，並延長產品的壽命。該方法現已普遍用在食品加工領域，尤其是乳製品的殺菌。
對於商業殺菌而言,端看應用於何種食品而言,有不同的溫度與時間,主要目的在於留下對人體有益的活性微生物或孢子,並除去腐生菌(造成食物腐敗,危害人體的微生物),在一般儲存條件下,不能回復微生物活性的處理,且食物本身風味不會被破壞,例:醃漬苦瓜,經真空包裝後,常壓下,100度西/滅菌20分鐘;或90度西/滅菌30分鐘,成品可於室溫下保存一個月。
另一高程度的加熱處理，把食物中所有的微生物完全殺死，即所謂的"完全滅菌"。此類殺菌所需的溫度常在121℃以上，雖然此種加熱的方式可以達到完全滅菌的程度，但它對食品品質所可能造成的傷害則最大。有一種"高溫短時間"殺菌法代替"低溫長時間"殺菌法者，主要的原理是因前者所殺滅微生物的程度與後者相同，但前者對食品中色香味等品質破壞之程度比後者低。通常利用高壓滅菌法,1.2個大氣壓下,121度西,15分鐘,即達完全滅菌的效果,例:我們熟知的保久乳,該有的酵素酶失去活性,風味劣於市售的生乳。
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