iOS4.1升上4.2.1疑問

機器：3GS

工具：Pwnagetool

狀況：
成功將韌體升至4.2.1之後，
先在Cydia重新安裝Cydia的程式，
完成後再接回itunes，備份回復iPhone完成。

問題一
開始使用發現，
Kuaidial、Phonecloser等軟體設定回復成和升級之前4.1 JB時的設定一樣
連我的注音鍵盤設定竟也變成Better Zhuyin
但是升上4.2.1後，我沒有安裝Better Zhuyin阿！！！
難道itunes備份也會連Cydia的軟體設定一起備份！？
而我沒安裝的軟體也會一併強制設定？

*手動改回原廠注音鍵盤，目前正常

問題二
長按App icon移動、刪除app，
異常的慢
約6-10秒才會抖動，按Home鍵跳回也慢
回復備份之前卻是正常的

請問我遇到的問題是正常的嗎？