PDF檔如何整理

我有好多PDF檔，大多是整本整本的書掃描的，請問我可以用ibook或其他app來把它分成一本一本書，或是檔案夾嗎，我之前爬文時有看到類似這樣的教學，可是我現在要找，就找不到了，所以想請教各位大大，有沒有人知道要如何整理這些PDF檔案，目前我是用good reader可是無法分類，資料好亂，我個人是偏好像ibooks這樣的方式，整理出來可以變成一本一本的書，而且可以左右翻頁，放在書架上看起來美呆了，還是我需要將PDF檔轉成TXT檔，然後用電子書的方式放進ipad,小妹不是很懂，請各位大大幫忙