請問pdf編輯的問題

先說明情況
小弟正在寫碩士論文，因為有很多珍板書要研究。所以常在圖書館掃描。
因為論文快做完了。但小弟想要保存這些掃描資料，希望能讓他美美的
也許之後博士班的時候還能使用
現在問題來了。因為那時掃描的時候，只是急著要資料，
所以最常出現兩個問題
(1) 掃描出來的pdf檔中間，常有黑影。
（2） 有些掃瞄出來的圖檔有點歪歪的

小弟想要請問，市面上有什麼軟體
可以進行調整，把pdf檔中間的黑影消掉，
還有把傾斜的圖檔弄正嘛？

之前有人推薦我使用photoshop
要我先把pdf轉成圖檔再修掉
但我發現，那要一頁一頁修，嗚嗚這實在太磨人啦
我打算最後真的不行，再使用這種土法煉鋼的方法
請問各位前輩
是否有什麼軟體可以實現我上面的需求呢