鐵路地下化工程經過之9處平交道、8處地下道與6處陸橋、鐵路橋涵，均朝向平面化方式處理。其中小東路地下道、民族（四維）地下道、林森路地下道、中華東路陸橋等4處橫交設施為本市重要交通幹道，歷經市府與交通部多次協商，已達成施工期間維持部份通行功能，並配合工程進度及經費逐步拆除或填平，以減輕施工期間之交通衝擊
