新店機廠聯合開發案，當初地主共有331位，民國80年及81年期間，曾經幾次徵詢地主是否願意參與聯合開發或選擇按公告現值加4成領取徵收補償費，同時採雙軌併行作業。81年共有21位地主同意簽訂土地聯合開發契約書，其餘地主則選擇領取徵收補償費，以當時幣值共計支付徵收補償費約24億1仟1佰萬餘元。88年7月9日林前局長陵三出函21位未參與徵收地主及公地主，徵詢參與聯合開發投資意願事宜，在同年9月13日前有2位地主分別與日勝生公司及日嶸公司合作，提出投資計畫書。所以80年及81年本案當時均有召開地主說明會，採雙軌併行並非僅是辦理強制徵收。
捷運局強調，新店機廠聯合開發案權益分配作業，因監察院101年12月提出糾正案，市府已採取具體改進措施，分別重新辦理土地貢獻及建造成本之鑑價，及檢視原報告書合理性，以作為權益分配重新協商之參考，並以要求日勝生公司提供兆豐銀行35億3仟萬元保證書，俟重新鑑價後補其差額，並保証至仲裁或法院訴訟結果定案為止，以充分維護臺北市政府應有權益。
在上述重新鑑價結果尚未完成前，臺北市政府目前實際產權登記持分之總和如下：含捷運設施30.27％、捷運獎勵2.55％、公地主16.06%等，總計為48.88%。取得捷運獎勵容積半數原應由市府支付之建造成本，若當時未以樓地板面積抵付，導致土地持分比率下修，預計目前總持分應可達52.991%，並非僅是報載或少數人強調進行聯合開發部分之權益分配30.75%而已。
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