iTunes-V12.01搞亂我的APP了.

我家有4S,IPAD,5S,6+,用了3個APPLE ID.
都用同一台電腦連接iTunes.
通常只做備份及同步音樂.
先前使用也沒太大問題.

但昨晚升級了iTunes到V12.01.
接上I6+,開始備份及同步.
奇怪的事發生了,先前只要幾分鐘即可備份同步完成.
昨天竟然跑了快1小時.
結果,I6+所有APP,原有分組都不見了,APP一個一個都直接在桌面上.
桌面爆滿,有些APP就不見了.
原想說APP分組不見及APP不見,再弄就好了.
想不到下午發現了更慘的事.
裹面原先的APP我大部份都是用同一個APPLE-ID安裝的.
但同步完竟成了聯合國.
清晨I6+更新了IOS8.1.
下午看到有些APP要更新,就去更新了.
竟然要我輸入其他APPLE-ID的密碼才能更新.
若只有一1,2,個APP也就算了,更新近20個,有一半是錯誤的APPLE-ID
表示iTunes搞亂我3個APPLE-ID裡面相同的APP了.

不知各位有遇到嗎?在同一台電腦上如何可以避免iTunes搞亂?