有沒有辦法讓iTunes中應用程式勾選的項目與目前iPhone中的一樣呢??

請問各位先進、高手、達人，
　　平時都用iTunes來下載APP到PC，但iPhone有開自動下載APP，
所以iTunes中的APP裡面有包含了iPhone下載過所有的APP （包含已刪除）。

　　這支iPhone買來時一開始有與PC同步過一次，但後來都是備份到iCloud，
APP的部份iTunes勾選的部份已與iPhone中不同，
如果現在iTunes若勾選應用程式同步，它會變成跟目前iTunes中勾選的一樣，
有沒有辦法讓iTunes中應用程式勾選的項目與目前iPhone中的一樣呢??
不然目前手機安裝近600個APP ，要一個一個核對勾選，會對到眼花　@@