同步應用程式 app全跑掉怎麼辦

最近電腦怪怪的 itune也不曉得按到甚麼.總而言之就是我的itune目前沒有跟我的
iphone同步.檔案都還在, itunes也可以看到iphone裡面的app，並且是照我原來的分頁及排列方式，也可以看到資料夾的歸類方式。

但是如果我到iphone同步設定裡的『應用程式』，將『同步應用程式』勾選起來的話，我發現我原來的app分頁排列及資料夾分類都跑掉了，資料夾都不見了，app都全部跑出來。這樣看起來我之前辛苦的資料夾分類不就要重新來過？

請問有人知道這是怎麼回事嗎？要怎麼樣設定才能在同步後，原來的資料夾分類都還在？謝謝