iPhone 備份需備份 APP 裡面的文件嗎？

最近爬了不少文，看了一些關於 iPhone 系統的文章，關於iTunes的備份，有看到了一個簡單的說明：

會被備份下來的有：

通訊錄、來電記錄、簡訊記錄、行事曆資料、AppStore下載或是購買軟體所產生的資料、用iPhone拍的照片，系統設定，這些會被記錄下來


不會被備份下來：
iPod裡面的音樂檔案、影片檔案、電腦同步回iPhone裡面的照片、cydia安裝的軟體、cydia安裝的軟體所產生的資料...等


不過，小弟還是有個問題，我原先存在各個 APP 裡面的資料，會備份下來嗎？
小弟的 iPhone 是未 JB 的，所以沒有 cydia 軟體的問題，所有軟體都來自 AppStore。不過像是 Goodreader、還有 Photo+Folder 等軟體，裡面都存有我另外存的資料。這些東西也會一起備份嗎？比如說下面的資料，哪些是會備份哪些不會？

1. Goodreader 裡面從網路下載進去的資料
2. Goodreader or Photo+Folder 裡面，從電腦透過 Wifi 傳檔進去的資料
3. 「相機膠卷」裡，「非 iPhone 所拍攝」，但是是透過 Photo+Folder 匯入的照片或影片
4. 以 iPhone 拍攝，從「相機膠卷」裡面移到Photo+Folder後，但在相機膠卷裡面沒有留底的照片或影片

小弟想要知道一下，是否未JB的機子，就可以放心回復，iTunes就會還給我一台跟先前備份一模一樣的 iPhone。
還是說按下「回復」之前，還是有些東西要手動備份的.......