一、陝甘回亂時代背景及民族背景
第二次鴉片戰爭結束，割地賠款階段：
1856年-1860年；
太平天國運動末期：1851年-1864年；
廣西大成國起義末期：1854年-1864年；
捻軍起義戰中期：1852年-1868年；
雲南回民起義戰中期：1856 年—1873 年；
四川李永和、藍朝鼎起義戰中期：1859 年—1865年。
清王朝為鎮壓各地起義戰爭，需要籌措鉅額軍費，於是加緊了對包括西北地區在內的尚未遭受戰爭破壞地區的蒐括。苛捐雜稅相繼繁興，貪官汙吏也藉機勒索，而這些負擔全部落到了陝甘各族人民的頭上，苦不堪言。回族和漢族在宗教信仰、生活習性、價值觀上完全不同等；在經濟上，回族地主、工商業者也因與漢族地主、工商業者爭奪土地和市場而受到排擠打擊，自古就有很深的積怨矛盾。於是，在回民中逐漸形成一種仇視漢人的心理。
二、陝甘回亂事件起因及發展
1862 年 5 月，太平軍扶王陳得才部聯合捻軍直逼西安，藍朝柱起義軍也由四川進入漢中。起義軍進入陝西，地方政府組織團練抵禦。而地方團練中有幾百名回勇，其中任武、赫明堂曾參加過雲南回民起義，這兩個人也一直在密謀再次起義事宜。於是他們鼓動回民群眾，殺死團練訓導趙權中等，然後逃回老家。回老家途中，部分回勇因砍購竹竿與漢人發生爭執，被當地團練打死了兩名回人。回勇跑到華州告狀，知州卻說：“你們這些回人勾結長毛太平軍，意圖謀反，打死一個，就少一賊。”
官府不聞不問的態度，讓本來就感覺憋屈的回民更加憤怒，再加上任武、赫明堂立刻利用這個藉口，鼓動回民造反，於是數萬回民組成了回民軍，四處燒殺掠搶漢人。雖然回漢兩族素有矛盾，但也從來沒發展到大量屠殺的地步。大多數漢族人還不知道發生了什麼事，就遭到了動亂回民的大量屠殺。
陝西巡撫一看事情鬧大了，不處理一下搞不好也發生什麼大起義。於是安排陝西團練大臣、同治皇帝的老師張芾去勸說回民罷手。本來張芾努力安撫回民，講述回漢一家，進展挺順利的。這時張芾又要求回民交出帶頭挑事的任武，而任武和郝明堂卻宣佈，在張芾的轎子裡，發現了一張紙條，上面寫著“秦不留回”，意思是朝廷要把陝西回民殺光！？場面一下就失控了，任武和郝明堂等人斬殺了張芾，和談徹底談崩。
據諸多歷史學者研究認為，“秦不留回”的紙條，很可能是任武、郝明堂等人故意栽贓設計的圈套，意在破壞和談，挑撥回漢矛盾，以達到發動回民起義的目的。回民四處散播漢人勾結朝廷要殺光回人的訊息，各地回民紛紛響應，一時之間，回民動亂的烽火迅速遍及八百里秦川，回民隊伍擴大至二十餘萬。當時陝西回軍主要首領除了任武、洪興、赫明堂外，還有馬正和、馬四元、白彥虎、馬生彥、禹得彥、餘彥祿、孫玉寶、二河州等。其中有的地主豪強、商人和阿訇等上層分子。
這些穆斯林民兵，記恨與漢人的矛盾衝突，將箭頭直指向漢人百姓，在關中各地區對漢人展開了瘋狂大屠殺。一路蔓延至甘肅、寧夏等地。1862年，伊斯蘭教哲合忍耶第五輩穆勒師德馬化龍，以總大阿訇的身份在寧夏響應陝西回民，寧夏回族殺死地方政府官員，對漢人展開了血腥屠殺。馬化龍在1866年向清朝投降降，並改名馬朝清以示忠於清朝。1869年重新反叛，回匪在靈州再次展開大屠殺，而漢民的財產及婦女被回匪據為己有。
1866年，各路回民在隴東甘肅董志塬重整，組建了十八大營民兵，白彥虎被推舉為十八大營元帥之一。白彥虎一路又從董志塬殺回陝西、寧夏、西寧等地，持續拉攏各地回民發生動亂，屠殺漢人，反抗清軍。他也是回民中屠殺漢人最多、最瘋狂的高階領導人。當時陝甘地區一度出現大批漢人改信伊基督教的情況，因為穆斯林民兵不殺基督徒。
三、滿清政府鎮壓消滅回亂
清政府此時意識到問題的嚴重性了，任由回亂髮生，怕是在西北地區的統治權利就不保了。於是趕緊命令直隸提督成明率軍從山西來救援。但回人民兵眾，成明大敗，逃跑了。清廷催欽差大臣勝保率軍入陝，但同樣屢戰屢敗，不是回民對手。1863 年，多隆阿率部由河南入陝，才暫時壓下了回民的勢頭。1864年，太平軍二次入陝，在周至打死了多隆阿。
1867 年，由於地方官員對鎮壓陝甘回民起義束手無策，清王朝不得不另調閩浙總督左宗棠接任陝甘總督。授左宗棠為欽差大臣，催其迅速北上，督辦陝甘軍務。左宗棠採取的戰略方針核心是“先捻後回”、“先秦後隴”，關鍵則是“不令捻回合勢”。
左宗棠抵達陝甘地區後，採取嚴厲的鐵腕措施，對參與暴亂的回民格殺勿論。經過殺敵一千自損八百的血腥拼殺後，終於取得陝甘地區控制權。由於回人在此前犯下屠殺漢人的滔天罪惡，也導致回族人差點被全部滅族，陝西回民被殺數十萬人。寧夏回民大阿訇馬化龍糧盡援絕，投降抵罪。左宗棠認為馬化龍反覆無常且屠殺漢人不下百萬，且之前曾投降後又叛亂。於是斬殺馬化龍與親屬及反清首領，基本滅了馬化龍一族。上百萬回人要麼被殺，要麼被趕走，留下來的少量回民也被漢化了。
直至1873年罪大惡極的匪首白彥虎逃往新疆，陝甘回亂才算真正結束。而白彥虎投靠了佔據新疆的外來侵略者阿古柏，後來左宗棠收復新疆，白彥虎又逃到中亞，也就是今天東干人的祖先。
四、陝甘回亂導致人口死亡數量
據相關史料統計，陝西在動亂前總人口約1400萬；甘肅、寧夏、西寧動亂前總人口約1900萬。動亂後，陝西總人口700萬左右，甘肅、寧夏、西寧總人口400萬左右。估算陝甘回亂，導致陝甘地區損失總人口至少2300萬左右！而漢民被屠殺約2000萬，回民被屠殺約600萬！
陝甘地區回族的組織形式大都是教坊制度，以清真寺為中心，以掌教、阿訇為中心，一個教坊大概3000人，這完全是集團化運作。回族民風強悍、宗教抱團發展，一旦與漢人發生衝突矛盾，立馬就有教眾一起幫忙。而漢人往往比較分散，頂多是宗族化小規模團隊，武裝武力值太低。這也是為什麼在回亂衝突中，漢人總數是回人總數3到4倍的情況下，仍然被慘殺約2000萬的直接原因。
五、陝甘回亂的真正意圖
陝甘地區回民是否意圖建立伊斯蘭國？陝甘回亂，在西方史學家的眼裡，不是“起義”，也不是“暴亂”，而是伊斯蘭教徒對異教徒的一場戰爭，西方史學家稱之為“東干戰爭”。
陝甘回民動亂的領導權多數掌握在回族上層分子和阿訇手裡，他們既沒有提出明確的反清政治綱領，也沒有提出足以動員和號召各族人民群眾共同行動的口號，反而把回民群眾的反清鬥爭引導到宗教教派之爭和民族糾紛上來，對不同宗教不同信仰的漢民進行大肆屠殺。而且境外勢力也開始插手，並在新疆建立了阿古柏汗國，意圖分裂西北。
陝甘回亂的時間，也正是雲南回民在杜文秀的帶領下起義的時間範圍之內，西北的陝甘回亂，是由從雲南返回陝西的回民任武推動爆發的。雖然，陝甘回亂與雲南回民起義初期的策略方針完全不一致，一個側重屠殺異教徒漢人，而另一個側重圍攻滿清。但從大方向來看，伊斯蘭是一個政教合一的體系，是否能說明伊斯蘭與中華文明的衝突？
為了促進民族團結，很多資料將陝甘回民叛亂定性為“反清反封建反壓迫起義”，實際上，這是一場徹底的宗教、民族武裝暴亂，它給漢族人的生命財產帶來了巨大的損失。歷史的悲劇不在於如何去掩蓋，如何去譴責，而是在於如何學會正確去面對，去反思，去避免悲劇的再次發生。宗教信仰沒有錯，只是要不侵犯異教徒的合法權益即可。
