請問一下~再公家機關~或是有跟公家機關打交道的大大~請款問題

想請問有人知道公家機關的請款方式嗎??

我幫某公家機關作一網頁設計的案子
但是因我無法開發票出來~也找不到信得過的人去開

因為事前我的疏忽~沒有跟對方先簽約就直接作了
對方現在跟我要發票~我要提出請對方用報稿費~或是報薪資戶
來讓我請款~但是對方可能會刁難我

所以想想問一下知道的人
如果我請對方主辦用報稿費~或是報薪資戶的方式
在公家機關來說~這是一種“正當且常見”的付款方式嗎??
對主辦人而言~會很麻煩嗎(相較於直接開發票去請款)??
而對於要請款的我~有什麼要注意的地方嗎

我想先作一些功課在去跟對方談!
但是網路上找不到什麼有價值的資料
想請各位知道的人幫忙~3Q