2006年5月起，民進黨籍立委謝欣霓、北市議員徐佳青等人，開始質疑並檢舉馬英九特別費。同年8月4日謝欣霓等人向高檢署查黑中心檢舉，指馬英九台北市長任內首長特別費，疑遭馬英九挪用當成生活費，查黑中心簽分「查字第十八號」案，由檢察官侯寬仁負責調查。歷經七個多月審理，查黑中心在2007年2月13日偵結馬英九特別費案，認定馬英九報領特別費後存於私帳、沒有實際支出，就已構成貪污，台北地檢署依貪污治罪條例第五條第一款「利用職務機會詐取財物」將馬英九起訴，余文則被依貪污及偽造文書罪起訴。[64]被起訴的同日，馬英九正式宣佈參選2008年中華民國總統選舉，並依承諾辭去中國國民黨主席職務[65]，然此案於同年8月17日台北地方法院一審宣判無罪[66]，檢方隨後提起上訴。2007年12月28日台灣高等法院二審宣判，駁回檢方上訴，維持一審無罪判決。[67] 2008年1月3日馬英九認為侯寬仁檢察官有涉及筆錄不實偽造文書的嫌疑而提告侯寬仁[68]。全案經檢方提起上訴後，最高法院在2008年4月24日駁回上訴，全案三審定讞，馬英九獲判無罪。
GG88 wrote:
例如，可以申請國賠的...當然一定要三審確定甚至大法官釋憲後(恕刪)
其實，不用三審…只要是判決確定即可以。
例如在一審後，檢方未再上訴，判決即確定；
倘若在偵查至判決確定前曾被強制處分(就是被關)，
都可以聲請冤獄賠償。
至於釋憲…幾乎九成九九九的案件不用到這個階段。
關於法官亂判部分，如果是法官不依證據去判斷的話；
從一審至再審，會經過約十位法官的審理，每一位法官皆無視證據…孰難想像。
所以，我認為與其去怪罪法官，不如先審視自已所提供的證據(包含反證)是否相對於對造(含檢方)，較為不足。
當然敗訴的原因也包括訴訟中的攻防…就先不談了，這個東西都可以拿來寫論文了。
如果，法官真的「亂判」，就像前面的伙伴有提到，司法院內部自有處理機關…被送進去「處理」對於司法人員來說，
真的是奇恥大辱呢！
爛草莓東施效顰野百合。
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