1661年6月,他進入了劍橋大學的三一學院。在那時,該學院的教學基於亞里士多德的學說,但牛頓更喜歡閱讀一些勒奈·笛卡兒等現代哲學家以及伽利略·伽利萊、尼古拉·哥白尼和約翰內斯·克卜勒等天文學家更先進的思想。1665年,他發現了廣義二項式定理,並開始發展一套新的數學理論,也就是後來為世人所熟知的微積分學。在1665年,牛頓獲得了學位,而大學為了預防倫敦大瘟疫而關閉了。在此後兩年裡,牛頓在家中繼續研究微積分學、光學和萬有引力定律。1667年,牛頓獲得獎學金,作為研究生重返劍橋大學三一學院。按照規定,只有被正式任命的牧師才有資格成為劍橋大學三一學院的研究生,由於持有非正統的宗教觀點,牛頓不願意成為牧師。但牧師職位的任命沒有最後期限,因此牛頓先獲得了研究生的名額,而牧師職位的任命被無限期地延後了。但是等後來牛頓被任命為盧卡斯數學教授席位時問題就來了,如此重要的職位不可能迴避牧師職位任命這一條件。然而,牛頓獲得了查理二世的許可,還是繞開了這一限制=> 當年有博士嗎?