建地上有祖厝，想興建新住宅問題

求教~版上先進們：我與姐姐共同持有一筆建地(各持二分之一)，該筆土地上現有祖厝(二座平房)，平房是曾祖父及祖父興建的，屋齡有六七十年以上了，祖父已過世五年了，平房並未辦理繼承，平房應該是沒有執照的，二間平房水電費帳單的名字都是我的，用自動扣款繳納二十幾年了，現在都當倉庫堆放雜物。現在我們想在該筆土地上自建二間新住宅(我跟姐姐各一棟)，有想留下其中一間平房祖厝，請問這樣要新建的住宅可以申請建照及使用執照嗎?因為怕申請建照會有困難，有親戚說：反正祖厝本來就有水電，不用再申請建照了，直接蓋就好。但這樣以後會不會產生很多問題?若真的直接蓋不申請建照及使用執照，若干年後若有需要，例如買賣或繼承，可以再補申請執照嗎?如果想一起把土地分割好，現存的不房祖厝是否會有問題?麻煩大家解答，謝謝