大陸同事用港澳通行證到台灣來的問題

已經幫大陸同事辦好入台許可證了, 沒想到現在是卡在大陸方面,
如果要申請大陸的台灣通行證, 還要有國台辦的批覆.....

看起來比較簡單的方式是申請港澳通行證, 然後經香港到台灣....
我搜尋網路上的資料, 歸納如下:

(1) 使用港澳通行证離開北京到香港.
(2) 使用港澳通行证入境香港.
(3) 使用港澳通行证離開香港到台灣.
(4) 使用護照+入台許可證入境台灣. (護照上不會被蓋章或任何戳記)
(5) 使用護照+入台許可證離開台灣到香港. 入境許可證會被台灣海關收回. (護照上不會被蓋章或任何戳記)
(6) 使用港澳通行证入境香港.
(7) 使用港澳通行证離開香港到北京.

關於步驟(2)與(3)之間, 以及(6)&(7)之間, 是不是可以不用入境香港 (直接轉機)?
如果只在香港轉機, 聯程機票會不會讓北京海關禁止出境?
沒有入境香港的記錄, 回到到北京, 會不會被海關列入不良紀錄?