馬桶安裝問題

之前買的房子交屋後搬進來居住，發現廁所一直有沼氣的味道，請了建商來看一直找不到問題，
後來我們自己找了水電師傅來看，檢查了排風，跟落水孔都沒有問題，師傅斷定問題應該是出在馬桶身上...

隔幾天建商請他們自己的水電師傅來看，也協同HCG的人員來更換馬桶，發現之前安裝師傅沒有安裝好導致臭味溢出來，目前是安裝好了，味道也漸漸散了，可是我有一個疑問，想請問一下，就是在馬桶的左右後方各有一個孔，左後方的孔已經用水泥補滿封死了，右後方的孔底部有水泥但是沒有補滿，這個孔內一直有水溢出來，用布吸乾後，馬上有滿起來了，永遠吸部完的水。

問題一、這水哪來的? 水箱 還是 馬桶裡面的水
問題二、這是馬桶沒安裝好嗎 ?