另有種, 深層洗牙(又稱「牙周病基礎治療」)其目的是要清除牙齦下方的牙結石和牙菌斑。這個過程需要深入到牙周囊袋內進行,因為會接觸到牙根和發炎的牙齦組織,所以通常會施打局部麻醉來減輕不適感。這種洗牙是最深入的。