第一次看到這樣裝作業系統的！這樣有解嗎？

我小妹因為覺得硬碟太小(80GB)，問我可不可以幫她升級硬碟，
今天我去光華買了一顆1TB的硬碟準備幫她升級，備份軟體用True Image 2010。

我妹這台電腦的舊硬碟共有三個磁區(C/D/E)，我用True Image把C碟備份到外接硬碟，
新硬碟我也分了三個磁區，新硬碟的C碟已經設為活動了，但不管怎麼還原就是無法啟動！
檢查後才發現她原本舊硬碟的啟動磁區竟然設在D，但作業系統卻是裝在C。

我問了之後，才知道這是她前男友幫她裝的，怪怪，裝這什麼爛東西？技術未免太差了吧？
我目前是不希望把原本舊硬碟整個copy過去，因為原本舊硬碟檔案太多太雜了，我是希望系統是正常的安裝，
而不是明明作業系統安裝在C，啟動磁區卻在D，有沒有網友知道要怎麼改呢？

謝謝啦！