Seagate 梭魚11 500G硬碟使用問題

各位大大好~
由於小弟對電腦只略懂皮毛，若以下的問題中有讓您感覺相當愚蠢的，還請多多見諒。

正在使用的：
主機板：ASUS P5K-E/WIFI-AP
硬碟：WD 160G(SATA)
光碟機：SONY燒錄機(IDE)--->將拆掉
ASUS光碟機(SATA)

即將加入的：
硬碟：Seagate 梭魚11 500G(SATA)
光碟機：SONY 燒錄機(SATA)

P5K-E有6個SATA插槽，有4個紅的(1、2、5、6)、兩個黑的(3、6)--->編號是看說明書

在這先出現了兩個問題：
1.不知道紅的跟黑的有啥差別??
2.不知道該如何分配插槽(要插2顆硬碟、2台光碟機)??

由於上面的兩個問題不了解，所以我就先亂插了
將兩顆硬碟分別插在1跟2，而兩台光碟機插在3跟4~~迫不及待開了機
舊WD系統硬碟、舊ASUS光碟機跟新ASUS光碟機都抓到並可正常使用
而新的Seagate硬碟雖然抓到了，可是卻出現了錯誤；"我的電腦"裡並無出現新硬碟
到"裝置管理員"一看有出現ST3500320AS，可是出現了驚嘆號
在查了一些文章後，有文章提到一些可能；如：主機板入否支援SATA II、硬碟是新產品須更新BIOS....等
於是做了BIOS更新試試看

第三個問題：
3.該如何更新BIOS??
我是安裝驅動光碟裡的"ASUSUpdate"來更新BIOS
可是有網友說這方法好像不是很好，所以想了解一下
有去ASUS網站下載新版BIOS，可是解壓縮後是"ROM檔"不知該如何使用

暫時跳過用"ASUSUpdate"更新BIOS是否恰當的問題
就"ASUSUpdate"顯示，我的BIOS順利更新到版本"1013"，也重新開了機
但Seagate硬碟仍舊出現錯誤
在又看到文章說要更新硬碟驅動的訊息後，決定去Seagate網站試看看更新驅動(用裝置管理員自動搜尋找不到)
在Seagate網站下載了"DiscWizard"
安裝完後他出現了找到新硬碟的訊息；然後要我進行硬碟的配置

第四、五、六問題：
4.用DiscWizard進行格式化跟空間配置是否恰當??或有其他推薦軟體??
5.配置方面的問題；主硬碟分割區跟邏輯分割區有什麼樣的差別???
若想整顆硬碟當一個資料存取槽該如何配置成??
DiscWizard的選項可以讓整顆硬碟配置成主硬碟分割區，也可以整個是邏輯分割區
由於有查到一篇文章說啥主硬碟分割區的檔案傳到邏輯分割區檔案 and 傳到USB隨身碟的一些問題
讓我不知該選配置成哪個，DiscWizard上的說明也讓我不知所措
6.為什麼會抓不到那顆新硬碟??是哪個環節有問題??
而裝了"DiscWizard"後才抓到對之後使用上會不會有問題??
如：我重新灌電腦後因為系統中已無"DiscWizard"而導致硬碟又出現錯誤

以上問題還請有經驗之大大多多指導，謝謝^^
下圖是裝了"DiscWizard"後找到的新硬碟的驅動資訊，不知醬是否正常
驅動程式日期竟然是2001年~"~
版本也不知道對不對，還請知道的大大告知一下