硬碟只要調master就抓不到？

小弟電腦裡本有WD 250G，Hitachi 120G各一，
系統槽是裝在WD250G上，Hitachi那顆只是當資料碟，
當初安裝的時候是WD跟Hitachi串在同一個IDE1上，
WD是MASTER，Hitachi是Slave，本來也相安無事，
昨日買了微星8600GT熱導管版，因為機殼有點小，
硬碟位置有點卡到，於是把兩顆硬碟拆下換個位置，
只是沒想到重裝回去的時候，
先裝WD 250G，發現主機板竟然抓不到，
(BIOS畫面停很久，就是不出現偵測硬碟的畫面)，
如果再把Hitachi 120G接上去Slave的話，又抓的到了，
可以順利開機，
如果把WD 250G調成Slave的話，又可以抓到了....

我試過把排線改插到IDE2上，那顆WD 250G一樣是單插Master抓不到，
Slave可以，而Hitachi那顆不論設定成Master、Slave都可以抓到。

請問這樣的狀況應該是主機板出問題，還是硬碟出問題呢？
請給我一些指點。