請問Intel CPU X5550 vs E5540效能比較

很久沒碰電腦規格，最近要幫公司選一台計算效能為主要考量的中階工作站，才發現有很多看不懂的規格、名詞，而且越來越複雜。

因為預算有限，時間有限也不想自己組，所以選了Dell Precision工作站 T5500跟HP Z600作比較

但是HP實在是比較貴一點，所以原則上將會以T5500為主要考量。

既然是以計算為主，所以規格選了
1. 雙Intel X5550CPU+
2. 6*2=12GB DDR3 ECC RAM+
3. 15K SAS 300GB HD+
4. nVidia FX580+
5. Win 7 Pro 64bit
其他是一般T5500的標準品

但是廠商報的價格超出我寫的簽呈報告預算，所以需要砍掉一點。

第一個想到的是記憶體打算砍成3*2GB，原本預計可以砍掉一萬，再凹一下廠商就過。
但是廠商似乎認為不太夠，所以廠商建議我降CPU規格，但是我本來就是要以計算速度為主要考量，記憶體從12GB降到6GB我可以接受，因為大部分的Model不會那麼大，而且後面要再加也比較容易，但是要我降CPU規格就有點疑慮。
像X5550 QPI是6.4GT/s，E5540 QPI是5.86GT/s，數字上等於拿掉10%。

但是X5550跟E5540實際上計算能力差異有多大?
有那位大大可以為我解釋一下。

註：我用雙核心T9300+4GB+Win Vista跑CAE Case會跑超過一天時間，所以計算能力對我真的很重要，差10%就是差2~3個小時，一個月下來就少跑好幾個分析案例。
另外軟體會寫出結果檔，所以硬碟效能也很重要，我也很好奇15K rpm的 300GB SAS硬碟跟10K rpm的SATA2 300GB硬碟還有SATA2 7200RPM硬碟效能會差多少？值得多花那些錢嗎？但是看很多Windows系統效能檢測，都是以分數最低的為系統效能，然後都是硬碟拉低；所以想要用好一點的硬碟來提升整體效能。

以上的觀念如有不對也麻煩指正。