各位版友好：
小弟目前在做生物資訊分析，想問關於硬體的問題：
我發現研究單位的工作站電腦並沒有顯示卡，僅依靠高核心CPU在做運算
我們目前是使用Linux作業系統，用NCBI上的生物資訊分析
他們的檔案格式是.fasta 格式，也就是有一堆序列，一個檔案小一點的大約5GB
以色列科學家有做出一套將.fasta格式分析重組成可用基因資訊的套件叫做Trinity
當我們在run這個過程時總是要耗費10小時甚至一天
那麼我的問題是，我若加裝顯卡會影響運算的速度嗎？
謝謝
yagood0310 wrote:
NCBI
要看該軟體是否支援GPU運算，不然您加了也無效，
另外生物資訊、DNA序列、蛋白酶分析...甚至醫療類型的計算，
通常會比較嚴謹...不容出現差異性或出錯。
即便要加GPU，顯卡上的記憶體最好也要有ECC功能...
TITAN V用於科學計算出錯
所以這方面要看您的運用到哪裡，
不是隨便加張顯卡就好...
要做的專業的話，綿綿角角一堆，
建議是找相關的工作站廠商詢問。
自律努力讓自己變大隻
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可能無關
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4970815/
GHOSTZ-GPU showed acceleration of approximately 4.1, 6.2, and 7.7-fold when we used 12 CPU threads with 1, 2, or 3 GPUs, respectively, as compared to GHOSTZ with 12 CPU threads. faster, using NVIDIA CUDA 6.0
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Trinity 是這個嗎? https://github.com/trinityrnaseq
https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq, 好像大部分用 Perl, 支援 GPU 的可能性應該不大
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GPU-BLAST
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5483034/
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