國道基金 目前財務穩健
現有國道除了中山高（國道一號）、二高（國道三號）之外，還有國道三甲線、未全線通車的國道五號（北宜高），以及東西向的國道二號、四號、八號、十號等共八條，但是只有中山高與二高有收通行費。
國道基金設定由一九八七年至二○三七年，自償率原為七五％，其後提高為七八％，由國庫補貼二二％，預計二○三七年以後，通行費收入就可以完全支應國道養護與建設的支出。一九九四年以後國道基金陸續納入二高、二高後續、北宜高、蘇花高等建設計畫，並依原有財務規劃執行，至目前為止國道基金營運尚稱正常，亦合乎預期財務計劃目標中運作。國道基金因為承接原北二高及二高後續建設公債與短期借款，因此處於負債情況；而從去年度決算業務收支情形來看，業務收入約三四三億元，業務支出為一六二億元，業務剩餘約為一八一億元（用來支應國道興建與債務償還之用），財務狀況尚稱穩健。
停止收費 影響其他建設
單以中山高來看，從一九七五年通車以來至二○○五年止，通行費收入共約二千六百五十七億元，成本部分，包括興建成本、維護管理費用、高架拓寬及交流道增建等，加上利息支出，總共約二千一百七十六億元，收入可說已經能夠完全支應成本支出。
然而，未來的支出也必須考慮在內，包括中山高本身機場支線拓寬、五股至楊梅段拓寬、橋樑耐震補強（因應九二一地震後，耐震標準提高）、橋樑重建等工程，費用預計共約一千八百一十四億元，還必須加上每年平均約四十億元以上維護支出；因此就算目前中山高部分，財務有四百多億元的盈餘，仍無法在兼顧未來國道建設與養護下，還能降低收費標準。
至於二高部分，建設總經費高達近四千五百億元，但至目前為止，通行費收入還不到四百億元，其餘部分除了繼續收取通行費之外，仍需仰賴中山高的通行費收入等支應。
因此，當初規劃興建整個國道路網，財源由國道基金支應，並無法獨立討論中山高是否能夠不收費，因為會影響到整體基金的運作情況；尤其，目前正值國道興建高峰期，更需中山高之通行費收入來償還債務、利息及建設費用。
借道增多 降低運作效率
如果中山高停徵通行費，根據高公局評估，將造成國道建設財源短缺，不僅之後要以債養債，還必須調高二高與北宜高的通行費費率。以二○○六年度預算案為例，如果中山高今年開始全面停徵通行費，將減收一四一億元，在當期剩餘降低，資本支出不變下，資金缺口將達一三六億元。預計至二○一三年，負債將會接近四千七百億元，光是利息支出就要二九○億元，二○一四年開始就必須以債養債。
至二○三七年通行費收入將少收約五千三百億元，國道基金的自償率也將由七八％下降至五八％，每年業務剩餘將不足以支付利息及資本支出；若需維持目前基金之自償率且於二○三七年基金財務達到平衡，必須調高二高、北宜高的通行費率二．三倍，也就是小型車的通行費必須調至九十二元、大客車一一五元、聯結車一五○元。否則，國道基金將面臨破產的局面，最後還是由全民來負擔。
若是減半徵收，影響當然相對較輕，但也只是減輕一半而已，國道基金仍須面臨破產，或是調高通行費的選擇。
此外，中山高若不收費，將使短途旅次借道比例增高，也就是都會區的用路人也會考慮走高速公路替代平面道路，容易形成交通尖峰時段壅塞，有礙中、長途旅次正常使用，降低高速公路整體運作效率。況且，基於「使用者付費」的社會公平原則，高速公路的興建與養護費用仍須由用路人繳付通行費來支應，否則，就會如交通大學土木系副教授黃玉霖所說的，將造成東部人補貼西部人（目前東部尚未興建高速公路）、窮人補貼富人的不公平狀況，也將會排擠到其他建設的預算，影響國家整體資源的分配。
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