國軍為因應共軍導彈和巡弋飛彈威脅,於民國93年4月1日成立第四軍種「飛彈司令部」,在台北縣泰山鄉原陸軍飛指部掛牌運作,由參謀本部直接指揮,編階中將的首任司令官由原陸軍飛彈指揮部指揮官谷風泰出任。
國防部表示,面對共軍導彈和飛彈威脅,國軍在防空作戰上,為縮短指揮時間和層級,將三軍中所有中高防空體系都拉出重整成立「飛彈司令部」,減少以往飛彈指揮上還需要透過各軍種部的程序,使整個指揮系統扁平化,配合三軍資訊鏈路整合的「博勝案」,以達成聯合防空和聯合打擊的目標。
為配合飛彈司令部成立,國防部93年特別在募兵員額中招考飛彈裝備操作兵,預定需求員額140人,這批新招募的兵員將分發至天弓飛彈營。
國軍的「飛彈司令部」,類似於美軍的「戰略司令部」(STRATEGIC COMMAND)和共軍的「二砲部隊」,不過美軍和共軍都是為整合飛彈攻擊作戰為目的而成立,國軍則是以整合飛彈防禦能力為目標,當然也包括少量的飛彈攻擊能量。
根據國防部規畫,「飛彈司令部」將統籌「遠距飛彈、精準飛彈及防空飛彈戰力」,陸軍現有的愛國者二型改良型、天弓、鷹式近三十個飛彈連,包括海軍陸基型雄風攻船飛彈都將移編納入,未來新採購的六套愛國者三型飛彈、中科院發展的ATBM反飛彈系統,以及長程預警雷達等裝備,都將編於「飛彈司令部」。
「飛彈司令部」是國軍「軍事事務革新」第一階段「精進案」中,組織變革唯一擴編並達「司令部」位階的部隊,而飛彈司令一職也提升為中將編階,顯示國軍積極建構反飛彈戰力與先制攻擊的決心。
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