最近接到縣府來函要求補辦商業登記...疑問一籮筐

請教各位大大

小弟本身是服飾店家，開店近十年了，故早已有辦稅籍登記，
但因店內某項銷售已久的運動器材商品，
因衛福部公告至九月一起納入醫療器材管理，
因此店家需辦藥商執照才可銷售，
為此，小弟也已辦妥!

但縣府近日來函通知，函文如下

主旨：
有關台端於本縣ＯＯＯＯＯＯＯＯ經營「ＯＯＯＯＯ店」申請販售醫療器材零售業許可執照乙案，請依業業登記法第六條規定向本府辦理商業登記，請查照。

說明：
一、
依據本縣衛生局105年7月25日Ｏ彰衛藥字第ＯＯＯＯＯＯＯＯＯ號函副本及經濟部104年6月16日經商字第10400617030號函辦理。
二、
按商業登記法第四條規定：「商業除第五條規定外，非經商業所在地主管機關登記，不得成立。」；同法第六條第一項規定：「商業業務，依法律或法規命令，須經各該目的事業主管機關許可者，於領得許可文件後，方得申請商業登記。」，次按經濟部104年6月16日經商字第10400617030號函釋略以：「…上開許可行業因有許可法令特別規定，故不問是否為本法第五條規定之小規模商業，均應辦理商業登記。」。

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小弟想知道的是
1、我已有稅籍登記，是否一定要再辦這項商業登記?
2、如果辦商業登記，對於我門市租賃地的水、電、房屋稅等是否有影響?
3、我目前為免用發票店家，如果辦商業登記，是否會變成要開發票?
4、如果上述情況成真，倘若我將藥商銷售許可終止，是否可以照現況繼續營業，而不去辦商業登記? 因為辦藥商許可純粹僅因銷售一項幾百塊的運動器材商品而已，本身就沒什麼利潤，如果為此產生一堆麻煩，甚至增加經營成本，那其實停賣該項商品反而減小經營負擔，未嘗不可！！

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2016-08-05更新
謝謝幾位大大熱心回應 ^^

小弟近日也有詢問縣府，因縣府的官員也有說，商業登記不一定要辦，但稅籍登記一定要有！所以小弟心想，既然官員都這麼說了，那我就放心去申請藥商執照！畢竟我如果多辦商業登記，若是影響房東的賦稅，可想而知，最終成本一定轉嫁到我們房客身上，而該運動器材我們原本就在賣，只為了配合政府規定，而去申請執照，坦白說，這項產品只是兼賣，可有可無，甚至這項產品賣一整年的淨利可能連三千塊都沒有，那何必自找麻煩？孰知，執照一下來，縣令跟著來，要求我們補辦商業登記，因此產生一籮筐的問題....

不過小弟可能最終還是會找會計師詢問一下，並跟房東徵詢一下，畢竟我們所在地都是屬商業區，也許房東本身的賦稅問題就屬營業用，如此即可安心補辦登記，如同一位大大所言「把最難的完成了(申請執造).能有機會提高營業額.也是不壞的事情」其實小弟也是這麼覺得！