翁啟惠對於被控貪污，曾含淚受訪說：「我回台灣是想幫忙，只有付出，但是到最後卻變成我做錯了什麼，感覺不是回到自己的家……」。
翁啟惠是國際知名學者，是全球首位成功研發「一鍋式合成法」及以酵素技術合成大量複雜多醣物的科學家，對許多疾病新藥開發貢獻良多，2006年回台接任中研院長，2016年卻因捲入浩鼎案淪為貪污案被告，他在檢調調查期間辭去中研院長一職，之後成為首位涉貪遭起訴的中研前院長。
士林地檢署認定翁啟惠和多年好友張念慈，在2011年談妥用1500張浩鼎「技術股」股票作為條件，交換中研院現成的醣分子及製作技術，但因經濟部有意見而作罷，隔年張加碼開出3000張浩鼎股票，以9300萬賣給翁啟惠女兒翁郁琇。
檢方認為，翁郁琇只是翁啟惠的人頭，因為股票買賣都是翁啟惠決定，營業員也證實建議賣股時，都是直接聯絡翁啟惠，檢方因此在去年1月間依「不違背職務收賄罪」起訴翁啟惠、依行賄罪起訴張念慈。檢方之後在士林地院第一次開庭時，針對翁啟惠部分，變更起訴法條為「違背職務收賄罪」，也使翁啟惠面臨刑責從原本7年以上徒刑，變為最重可判無期徒刑。
翁啟惠捲入浩鼎案後，他始終冷對外界指控與官司，然而先前他接受《蘋果》專訪時，他罕見地哽咽了，他失落的說：「我回台灣是想幫忙，只有付出，但是到最後卻變成我做錯了什麼，感覺不是回到自己的家……」，為什麼一心貢獻，卻落得這步田地，讓他沉痛無語。不過他仍說自己不後悔回到台灣，也堅信司法終將還他清白。
至於張念慈及浩鼎副董事長許友恭、總經理黃秀美、研發長游丞德、前醫務處長廖宗志等5名浩鼎高層，涉嫌在解盲前出脫持股，被士林地檢署依涉內線交易罪起訴一案，由士林地院另案審理中。
無罪判決一出來，浩鼎就有慶祝行情
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