(1)柴油的品質較講究，且要使用超級柴油，所需柴油的金錢消耗較傳統柴油引擎多。
(2)柴油的清潔度要更高，故要更重視燃料系統的保養與定期更換柴油濾芯子，避免有關零件磨損與阻塞。
(3)增添許多電腦控制零件與複雜的電腦控制線路，使維修更為困難與更需要專業性。
(4)燃料系統的零件正常使用後損壞，一般的汽車修理工廠根本無法分解、修理與調整，大多要直接更換零件總成，比如噴油器、油軌總成、電動柴油泵浦等。且更換零件所需金錢費用亦較高，甚至有些電控零件比如噴油器更換後，要透過原廠電腦診斷儀器、網路與原廠有關部門，進行基本設定或初始化的設定。
(5)修理與維護時，所需專業性要更高，否則可能會被電擊或不必要的零件與人員損傷，比如拆開柴油高壓系統的零件之前，一定要先經過洩壓程序，因柴油噴射壓力高達1350bar，甚至 2000bar 以上。
(6)電腦控制零件如設計未週全時，可能容易造成電磁干擾，形成難以排除的引擎間歇性故障。
(7)購車成本較傳統式高。
(8)電腦控制共軌式柴油引擎的噴油壓力可高達1350bar，甚至 2000bar 以上，故其有關保養維修之技術和應注意事項與傳統式柴油引擎是不相同的。
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