拯救中毒的IQR XL

大家好：

緣由：
由於我的IQR XL連接到中毒的電腦，導致IQR XL中毒。雖然用防毒軟體清了毒，而且機子也可正常使用，但機體中的Autorun.inf檔變成0位元，且機子的表現怪怪的。所以，我就將備份的Autorun.inf檔案硬Copy過去。結果導致機子無法正常起動，僅能連到電腦上像一般隨身碟。

解決方案:
1. 將機體內的檔案全部殺光，再將被份的檔案Copy回去。
2. 將機體依照原本的檔案格式重新格式化，再將所有的備份檔案Copy回去

以上兩種方案各有利弊。方案一比較簡單但無法徹底解決中毒的症狀；方案二雖然比較麻煩，而且完全格式化後不知會不會完全讓機子無法正常開機，但可以徹底解決中毒的問題。
請問各位網兄，你們會建議採用哪一個方案呢？修復過程又要注意甚麼呢？還請大家指教，謝謝。