車子要出險，誰能決定呢？

我有個問題想要請教板上的前輩們，

故事是這樣的，兩個禮拜前，
我開車因前方突然出現有一機車闖紅燈，我旋即煞車，大概不到一秒鐘的時間，後面馬上有一台車追撞我的車，
我的車屁股當然就是凹掉了，
當下有請警察處理，也做了筆錄，
其實應該是蠻單純的，
依理解，被追撞通常是沒有肇責的，後車應該是全肇責，
車子理所當然的就打算去原廠修理，
但是後車駕駛似乎是原廠的員工(聽他講似乎是某高階主管)。

所以我開始有點擔心，是說會不會因為職務之便，該修的沒修，該換新的沒換新，或是怕有偷工減料的情況發生，
後來做完筆錄，隔幾天去了住家附近的原廠維修，想說直接出險(有保丙式車體險、無自負額)，也不想通知肇事者讓他插手，
心想直接交給保險公司出險，等於是有第三方來處理，應該比較不會有關說之嫌，
於是就到車廠寫了出險申請書，隔天經由原廠的電話也了解到了保險的理賠專員說是同意出險，估價給保險公司的大部分零件都換新。
...
一直到現在，接近車子修復完成的日子了，我打電話去了解，原廠居然回答我，車子的部分我不用出險了，也從交談中得知因為肇事者可以拿到零件的折扣，所以保險公司"同意"不出險，直接由肇事者墊付汽車維修費用。
當然我也不是一定非得出險，使用保險的"代位求償"不可，只要車子該修的都修，零件該換的都換，能以公正、客觀的方式維修我的車子，我也是可以接受的。
只是我擔心的是，原廠這樣是不是有球員兼裁判的利益關係。
再來我很有疑問的一點是，為什麼我請原廠協助辦理保險的出險，最後保險公司卻可以"同意"而決定不出險，從頭到尾還沒人徵詢我的意見，是我打電話主動去關心才得到的"通知"，那這樣我保險的權益在哪？

想了解原廠或是保險公司可以這樣操作嗎？謝謝。