南竿機場是馬祖空中交通的最大門戶,較多的航班在南竿機場起降,目前在南竿機場有兩家航空公司,一家是立榮航空,飛行 松山 南竿 及 台中 南竿的航線,另一家是中興航空,主要是飛行馬祖列島的離島航線.飛馬祖的飛機都是這種小飛機,空間不是很大,稍大的行李都要托運。南竿機場的班次比北竿多,主要是往返台北,但也有飛台中。機場內有旅客服務中心,機場餐廳,馬祖名產展售等,南竿機場常因天候關係關場,因此搭機前,先行打電話確認班機是否有起飛.