台灣的老火車站當中，較早期的是木造車站，嘉南平原上，有幾座保存的相當良好的木造車站，後壁、林鳳營、保安等三個，在後壁車站再往北的一個車站，雖然不是木造車站，但是它是一個彷木造車站建築，改採用鋼筋混凝土建造的南靖車站，從車站建築外觀可以看的出來，在車站的四周，保留了雨簷的結構，車站上方的採光窗，也保留了下來。
台灣早期的火車站，都會有三個建築，一是車站本體建築，接著是衛生間(廁所)，還有就是站長宿舍。
早期台灣的衛生條件並不是很好，化糞池是有錢人家的專利，因為如果把廁所與車站本體建築建在一起，那麼在車站辦公的站務員，一天到晚都會聞到臭味，所以廁所一定是和車站本體分離的。
南靖車站旁有個南靖糖廠，因此當年這裡進出的火車可謂之繁忙，車站是採三班輪班制，所以設置一座站長宿舍，讓下了值班的站長及站務員可以休息，現在南靖車站前方的建築，不知是不是以前的站長宿舍。
當大家都知道要保存台灣老火車站的同時，大慨只知保存車站本體，像南靖車站的廁所，還是保留了當年的建築，實屬難得，也許是因為南靖車站的客運業務量少，廁所不需改建，因而保留下來了吧。
車站內部的候車室，從以前就使用到現在的木造座椅，完整的保留著。
這種車站的木造座椅，也漸漸的快要消失了，老車站就是要搭配這種座椅，才符合老車站給人的意像。
車站內較大的改變，是將行李拖運的窗口，改成現在的售票窗口，原的舊的售票口，現在已經成了公告欄，這一新一舊的售票口，有一種蠻強烈的新舊對比。
前面有說過了，南靖車站旁有座南靖糖廠，在這也看的到三軌的鐵道，讓台鐵 1067mm 軌距及台糖 762mm 軌距的火車，共用一條軌道，方便車輛進出裝卸貨物，不過因為台糖製糖的產量已經很少了，這種在台鐵車站內的三軌鐵道，幾乎已經看不到了。
南靖車站從以前到現在，建築結構變化其實不大，車站內的行李拖運窗口，廁所分隔成男女，月台區加了天橋，整體說來，還算是原汁原味，希望在幾十年後，南靖車站的改變不要太大。
