返回Dana的藏身處，她發現一位名叫Elizabeth Greene的女孩仍然被隔離在GENTEK大樓，也許找到她能得到更多情報。同時Randall將軍正與Cross隊長交談，將軍表示情況已經有所變化，並且下令Cross隊長全力處理代號ZEUS的Alex Mercer。
前往地圖上標示的GENTEK設施，先變身成之前吞噬的西裝客，來到設施大門前可以看見裡頭戒備森嚴。你必須找到基地指揮官，然後吞噬他才能取得進入設施的鑰匙。這名指揮官的位置會在地圖及遊戲畫面上以「基因圖示」標示出來。特別要注意設施內的「病毒偵測器」（Viral detectors），這種設備可以在一段時間內偵測出您體內的病毒，使您偽裝暴露。
在病毒偵測器偵測時間內吞噬設施指揮官。
吞噬設施指揮官後，變身成他，然後從GENTEK門口進入。在裡頭見到Elizabeth Green，但她沒頭沒腦的丟下一句：「我是你老木！」就閃人了。閃人還不打緊，設施內的「獵人」（Hunters）全數覺醒，開始大肆破壞。這些獵人顯然對你比較有興趣，會追著您到處跑，目前你還沒有消滅獵人的力量，趕緊把他們引到地圖上標示的軍事基地。
在遊戲中看見這種怪裡怪氣的小女孩准沒好事。
「獵人」甦醒，開始大吃特吃。
進入基地，過場動畫會特別帶到放置「火箭發射器」的架子，趕快過去拿一把。接下來窮追不捨的獵人殺入基地，頓時引發一場大混亂，用你手上的火箭發射器攻擊「獵人」，擊中獵人兩次會讓他陷入震懾的狀態，頭上冒出紅色的「基因圖示」，代表你可以吞噬他。按下[B]鈕抓住獵人，然後按下[Y]吞噬。成功吞噬獵人可恢復你的生命值，同時也使你獲得新的攻擊能力。
成功吞噬獵人解開新的攻擊能力。
雖然有了能殺死獵人的「利爪」（Claw），但大批獵人開始殺入基地，他們的行動非常快速，一不小心就會受到圍攻，尤其千萬不要被逼到牆角。萬一血不夠，就使用吞噬能力來補血。儘管成功擊殺幾隻獵人，但他們還是源源不絕的從天而降。這時任務目標變更，要您打爆基地內四周的油槽，抓起散落四處的火箭發射器，擺脫獵人的追殺，然後破壞油槽。
被獵人逼到角落會使你陷入極大的危險。
成功打爆所有油槽完成任務。
回到Dana藏身處，這回她給你另一個名字Karen Parker，也就是Alex的前女友。此時軍方恐怕也已把她鎖定成目標，Alex必須趕快前往Karen的住處。
來到Karen公寓大樓前，發現鄰近街區已經受到病毒感染，道路陷入一片混亂，軍方也試圖控制局面，不讓感染範圍更形擴大。進入Karen的公寓與她交談，Karen要Alex去弄一輛軍用車輛，這樣才能突破軍方的封鎖。回到街道上，小心獵人的攻擊，你會注意地圖上有一個「基因」圖示，找到目標士兵，將他吞噬後就能得知從他的記憶得知他的任務，以及要去哪裡弄來一輛軍用車輛。
熙熙攘攘的紐約街道開始轉變成人間煉獄。
前往軍事基地之前，建議升級「匿蹤吞噬」（Stealth Consume），這項能力使你在吞噬獵物時不會被人發現，對接下來的基地潛入任務非常有用。來到基地外圍，先吞噬到處閒晃的基地指揮官取得鑰匙，接著進入基地，把裝甲運兵車駕駛也給吞了，得到駕駛裝甲車的能力（還真方便）。最後走出基地，大搖大擺的把停在一旁的裝甲車開走，只要不去惹基地內的士兵，他們也懶得理你。
都這樣了還沒被發現，有點扯就是了！
乘員上車。
先到地圖標示的區域測試一下裝甲車的火力，然後開回Karen的公寓。Karen公寓對面的大樓已經演化成「感染巢」，不要讓獵人有機會貼近裝甲車，不然車上的武器會打不到他。發射飛彈將這棟大樓打爆後，進入任務標示的地點救出karen，最後再開著車載她到另一處安全地點。
進化成「感染巢」的建築物會不斷吐出感染怪物，十分噁爛！
與神秘人物交談完後，Alex繼續回顧往事。在Karen的實驗室中，她表示感染爆發是因為有兩種基因珠作用的關係，而她需要一些樣本來測試。
第一種遺傳物質是大樓水塔中的水源，不過這些被感染的水塔很不巧的也是獵人的孵化器，要是靠水塔太近，獵人便會孵化出來。既然不能靠近那就拿東西砸吧。受感染水塔的位置會在地圖上以「骷髏頭」圖示表示，周圍除了感染怪物、獵人外，軍方偶爾也會來攪局。砸水塔的最佳物品是街道上的車輛，雖然還得下去拿，不過丟個兩次水塔就爆了。被破壞的水塔會噴出黃色光球，這些就是Karen要的遺傳物質。反覆執行這個動作直到畫面右上角的基因物質長條填滿為止。
一靠近水塔獵人會開始孵化，遠離水塔他們會再次進入休眠。
成功收集到基因物質。
第二種基因物質由感染巢噴發而出。來到地圖上的感染巢可以看見街道上散落一地的黃色光球，但這裡也是戰況最激烈的地方，尤其軍方更是傾全力地在消滅感染巢。不要浪費時間與他們戰鬥，快速地在街道上來回奔馳慢慢收集基因物質即可。
收集感染巢基因物質要花上一點時間。
回去找Dana，看她還挖出什麼新的情報。看來軍方有了大動作，在曼哈頓東南方建立起軍事基地，而且外海還有美國航空母艦─雷根號待命。Alex猜測McMullen博士可能就在那裡。
來到BLACKWATCH軍事基地，首先要就是收集情報，最好的方式當然是直接從敵人的腦袋裡收集囉！變身成軍方人員，避開「病毒偵測器」潛入基地中。裡頭的軍人多得跟螞蟻一樣，找到指揮官後，尾隨他，在病毒偵測器偵測範圍外用「隱匿吞噬」把他幹掉。
在滿坑滿谷的軍人面前都能吞噬成功，實在難以置信。
從敵指揮官的記憶知道軍方已經兵分好幾路，再次展開緝捕Dana的行動，這次還配備可以偵測病毒的「無人飛機」（UAV）。開啟地圖，「紅色骷髏」圖示表示這些正前往Dana藏身處的巡邏隊，你的目標是在他們找到Dana之前消滅這些巡邏隊。巡邏隊會從南北兩邊往Dana的藏身處前去，動作要快！
劫奪巡邏隊的戰車，再快速地消滅他們。
～待續
